11 сентября 2017 года в ходе заседания Государственной комиссии, состоявшегося на 17-й площадке космодрома Байконур (учебно-тренировочный центр ЦПК имени Ю. А. Гагарина), были утверждены основной и дублирующий экипажи 53/54-й длительной экспедиции на МКС. Старт транспортного пилотируемого корабля «Союз МС-06» запланирован на 13 сентября 2017 года в 00:17 по мск.

Основной экипаж МКС-53/54 был утвержден в следующем составе:

- Герой Российской Федерации, лётчик-космонавт РФ, командир транспортного пилотируемого корабля «Союз МС-06», бортинженер МКС-53, командир МКС-54 Александр Мисуркин (Роскосмос, Россия);

- бортинженер-1 корабля «Союз МС-06», бортинженер МКС-53/54 Марк Ванде Хай (НАСА, США);

- бортинженер-2 корабля, бортинженер МКС-53/54 Джозеф Акаба (НАСА, США).

В составе дублирующего экипажа:

- Герой Российской Федерации, лётчик-космонавт РФ, командир транспортного пилотируемого корабля «Союз МС-06», бортинженер МКС Антон Шкаплеров (Роскосмос, Россия);

- бортинженер-1 корабля «Союз МС-06», бортинженер МКС Скотт Тингл (НАСА, США);

- бортинженер-2 корабля, бортинженер МКС Шеннон Уокер (НАСА, США).