Свой первый космический полёт Муса Хираманович Манаров совершил с 21 декабря 1987 по 21 декабря 1988 года в качестве бортинженера корабля «Союз ТМ-4» и ОК «Мир» (командир — В.Г. Титов) продолжительностью 365 суток 23 часа. Посадка была выполнена на космическом корабле «Союз ТМ–6». Тем самым, в истории мировой пилотируемой космонавтики был установлен мировой рекорд по длительности космического полёта.

За успешное осуществление полёта и проявленные при этом мужество и героизм  Мусе Манарову было присвоено звание Героя Советского Союза.

С 2 декабря 1990 года по 26 мая 1991 года космонавт выполнил второй космический полёт в качестве бортинженера космического корабля «Союз ТМ-11» и орбитального комплекса «Мир» продолжительностью 175 суток.

Во время космических полётов Муса Хираманович совершил 7 выходов в открытый космос общей продолжительностью 34 часа 23 минуты.

Руководство Центра подготовки космонавтов имени Ю. А. Гагарина, отряд космонавтов, сотрудники ЦПК поздравляют Героя Советского Союза, лётчика-космонавта СССР Мусу Хирамановича Манарова с днем рождения и желают ему крепкого здоровья, счастья, отличного настроения и долгих лет жизни!