Свой первый космический полет С.Ш. совершил 23 января 1998 года в качестве специалиста полёта космического корабля «Endeavour» по программе STS-89 продолжительностью 8 дней 19 часов. В ходе полёта была осуществлена стыковка с российским орбитальным комплексом "Мир".

Второй космический полёт Салижан Шакирович совершил в качестве командира космического корабля "Союз ТМА-5" и бортинженера 10-й основной экспедиции на Международной космической станции с 14 октября 2004 года по 25 апреля 2005 года. В период полёта было выполнено 2 выхода в открытый космос.

За успешное осуществление космических полётов С.Ш. Шарипов был удостоен звания Героя Российской Федерации.

Руководство Центра подготовки космонавтов имени Ю. А. Гагарина,  отряд космонавтов, сотрудники ЦПК поздравляют Героя России, лётчика-космонавта РФ, Салижана Шакировича Шарипова с Днем рождения и желают крепкого здоровья, семейного благополучия, счастья, успехов в профессиональной деятельности!