12 сентября в 3 часа 52 минуты по московскому времени произошла посадка спускаемого аппарата транспортного пилотируемого корабля «Союз ТМА-16М» с экипажем в составе космонавта Роскосмоса Геннадия Падалки, астронавта ЕКА Андреаса Могенсена и космонавта Казкосмоса Айдына Аимбетова. Спускаемый аппарат совершил штатную посадку в заданном районе возле города Джезказгана (Казахстан).

На месте посадки экипаж встречали представители Роскосмоса, Казкосмоса, Европейского космического агентства, Центра подготовки космонавтов. В Астане с Геннадием Падалкой, Андреасом Могенсеном и Айдыном Аимбетовым встретился президент Республики Казахстан Нурсултан Назарбаев. 

С экипажем на этапе спуска с орбиты в составе Главной оперативной группы управления Центра управления полётами работали инструкторы Центра подготовки космонавтов (ЦПК). «Работа инструктора с экипажем начинается с момента расконсервации корабля (приблизительно за 8 часов до посадки) и продолжается до раскрытия купола парашюта спускаемого аппарата, – рассказал начальник отдела ЦПК Андрей Кондратьев. – Экипаж продемонстрировал слаженную работу. Наши инструкторы, задействованные в сопровождении посадки в Центре управления полётами, отработали циклограмму этапа спуска с орбиты в полном объёме».

На связи с экипажем находился инструктор ЦПК Вячеслав Скакун, который работал с космонавтами и на этапе наземной подготовки в ЦПК и Байконуре, и во время полёта от старта корабля до стыковки с МКС.

Из Астаны Геннадий Падалка и Айдын Аимбетов прибыли на Ту-134 на аэродром Чкаловский, а оттуда – спецавтобусом к Комплексу предстартовой подготовки и послеполётной реабилитации космонавтов для прохождения дальнейшей реабилитации. Датчанин Андреас Могенсен из Казахстана отправился в Европейский центр астронавтов в Кельне.